Aprire la seconda immagine (possibilmente con lo sfondo trasparente come un PNG o un GIF) File > Apri come livelli... in modo che Gimp la inserisca su di un livello aggiuntivo in modo da sovrapporsi allo sfondo, ottenedo il  risultato a lato.
Siccome il logo è su un livello diverso dallo sfondo è possibile ridimensionarlo e spostarlo a piacere, volendo lo si può anche ruotare, è sufficiente usare gli strumenti dell'omonimo pannello.